5月30日，日军开始进军台湾。6月4日，唐景崧奉清廷之命率军内调，台湾民主国在日军登陆前瓦解。官绅阶级纷纷内渡逃跑。抗日不成的丘逢甲黯然离台，返回广东镇平（今梅县蕉岭）祖籍，写下许多慷慨激烈、悲凉沉痛的咏台诗作；其中一首《离台诗》写道：
宰相有权能割地，
孤臣无力可回天；
扁舟去作鸱夷子，
回首河山意黯淡。
第二年，他又感慨地写道：
去年今日割台湾，
春愁难遣强看山；
往事惊心泪欲潸，
四百万人同一哭。
然而，台湾各地人民，尤其是中南部的贫困农民，纷纷加入义军，英勇阻击登陆的日军；一直到1915年，台湾人民的武装抗日斗争才告结束。尽管每一次的武装行动都在日寇大规模流血恐怖的镇压下完全失败了，但是，它却用血的事实揭穿了日寇殖民政策的欺骗性，提高了民众抗日的民族自觉。
总地说来，这个阶段的武装抗日基本上是汉民族传统的中国意识的坚持与抵抗。
以小说《亚细亚的孤儿》（原名《胡志明》）奠定作家地位的客籍作家吴浊流（1900—1976）在晚年的回忆录《无花果》里写道：