他不仅延揽众多大家教授学生，而且聘请高明的管理人才。傅斯年后来曾说，蔡先生请蒋梦麟作总务长、助理校务为最佳搭档：“梦麟先生学问不如蔡孑民，办事却比蔡先生高明。”
第三，建体制。
蔡元培把中外大学管理体制进行比较后认为，要使学校按既定方针办下去，不受校长一人去留的牵涉，就要建立起以诸教授为中心的教授治校体制，于是设立校评议会及聘任、财务、审计、图书、仪器、学生生活指导等各种专业委员会的制度，其精神是由教授民主治理学校，评议会由教授代表组成，为学校最高权力机构，校长是评议会主席。
同时，他改年级制为选科制，学生可以自由选课。于是北京大学课堂的秩序是：来者不拒，去者不追。
在教育内容上，他提倡融通文理，融合中西文化，重视学生美育，提出以美育代宗教。在招生制度方面，从1920年春天开始招收女生入学，开创了我国大学教育男女同校的先河。他进一步主张“学术分校”。他看到了文、理分科所造成的流弊之后，进一步主张“沟通文理”。1919年，北大进行改革，撤销文、理、法三科界限。全校设立14个系，废学长，设系主任。