乱已定，世祖已返燕都，还道阿合马等冤死，拟加抚恤。枢密副使孛罗（一作博罗。）历陈阿合马罪状，方大怒道：“该杀！该杀！只难为了王著。”复命剖棺戮尸，纵犬拖食，人民聚观，无不称快。阿合马家产，籍没充公，复逮其子忽辛（一作湖逊。）至。忽辛时为江淮右丞，既被逮，敕廷臣杂问，忽辛历指道：“汝等曾受我家钱财，怎么问我？”嗣至参知政事张雄飞，先问忽辛道：“我曾受过你家钱财否？”忽辛答称没有，雄飞道：“如此说来，我应当问你！”遂审实忽辛的罪名，正法伏辜。世祖复闻郝镇党恶，亦令戮尸。还有右丞耿仁，与郝镇同罪，下狱论死。其余奸党，一律罢黜，并汰冗官七百十四人，罢官署二百余所，内外总算一清。
世祖乃加意求治，遣都实（一作笃什。）穷探河源，命郭守敬定授时历，焚毁道书，创始海运，诏诸路岁举儒吏，蠲免燕南、河北、山东逋赋。招衍圣公孔洙，为国子祭酒，提举浙东学校，统是一时美政，传播人口。
忽有闽僧上言，报称土星犯帝座，防有内变。世祖本尊崇僧侣，曾拜拔思巴为帝师，皈依释教。至是闻闽僧告变，自不免迷信起来。且因平宋以后，江南多盗，漳州民陈桂龙及兄子陈吊眼，起兵据高安砦。建宁路总管黄华，叛据崇安、浦城等县，自号头陀军，称宋祥兴年号，福州民林天成，也揭竿相应。又有广州民林桂方、赵良钤等，拥众万余，号罗平国，称延康年号。虽经诸路元帅，剿抚兼施，或杀或降，然大势尚未平定。（各处小丑未为小害，故随笔略过。）自闽僧告变后，复闻有中山狂人，自称宋主，有众千人，欲取丞相。京城亦得匿名揭帖，内言某日烧蓑城苇，率两翼兵起事，定卜成功，愿丞相无忧等语！先是帝㬎被虏，至燕京，降封瀛国公，令与宋宗室大臣，寓居蓑城苇。既得揭帖，乃将蓑城苇撤去，迁瀛国公及宋宗室至上都。疑丞相为文天祥，有旨召见。