当然，单纯地躲并不是办法，疫区的卫生清洁更加重要。除了明末这类行政混乱的年代外，大多数时候政府都对此极为重视。明朝景泰五年（1454年）四川发生瘟疫，当地巡抚就下令分片划定十几个灾民安置区域，每天清理卫生，终于“活数万人”。
早在宋朝时，就有了“避疫”制度，即将疫区里的民众迁移到特定地方安置。比如宋真宗年间河北发生瘟疫时，政府就下令将当地百姓南迁避疫，并由医官院提供药品与粮食，并提供必要的医疗指导。洪州瘟疫时，知州刘彝除了切断传染源，还特意印发了医疗手册《正俗方》，3700多个平日招摇撞骗的巫医，被他抓来集中学习，不肯改邪归正的一律严惩。清朝的几次大瘟疫，政府也组织人力物力，印发《温热暑疫全书》等医疗手册，分发各地官员百姓，达到了很好的救灾效果。
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历代王朝在面对瘟疫时，对国家经济与医疗力量的动员与投入都很惊人。
及时的医疗投入，是防疫成功的关键。北宋年间，朝廷就设有“防疫专款”，用于西南各州的卫生防疫，每个州都可以享有两百贯的专款。