可是，乾隆帝说话了：“不管是谁，按律办理！”于是，国舅爷高恒被逮捕下狱。可是，当审讯高恒和盐商的时候，却出事了。高恒和盐商道出了这笔不明去向银两的真正去处。他们的交代，简直是石破天惊，让人不敢再审理下去了。
高恒及盐商交代：“共获余利银一千九十余万两。历年办贡及预备差务共用过银四百六十七万余两，尚有各商未缴余利银六百数十余万两。”
这个交代，“办贡及预备差务”这几个字非常辣眼睛。“办贡”，就是给皇上办理贡物；“预备差务”，乃乾隆帝四下江南时候的钦命皇差，尤其是乾隆帝巡幸苏杭、扬州，办理行宫，预备点景，衣食住行，等等，花销467万两的白银。
这是个非常麻烦的事情，案犯的交代表明，这些被贪污或亏空的银两，是花在了乾隆帝身上了。这要如何处置呢？这可是乾隆帝没想到的事情。
经过思考，乾隆决定打击重点，缩小案值。主要是为了顾全自己的面子，只好如此。当初的信誓旦旦，当涉及皇帝自身的后，就要酌情办理了。
乾隆三十三年九月，历时3个月的“两淮盐引案”做出终审判决：高恒以侵贪3.2万两，判处死刑；普福以侵贪1.8万余两，判处死刑；前任盐运使卢见曾，侵渔盐引，判处死刑。