从柏林回来之后,巴赫又以极其熟练的技巧发展了腓德烈赐给的主题,并特意增加了一首为长笛、小提琴和羽管键琴而作的三重奏鸣曲。他以《音乐的奉献》为题,将它用特别的纸张印刷了一册,连同一封信一起献给了大帝。
到了1749年年底,巴赫的视力更差了,他先后两次接受江湖庸医的手术,但都遭到失败。他完全失明了,体质也随之下降,导致慢性肾炎的恶化。1750年7月18日,他的视力突然恢复,但几小时后便失去了知觉。10天之后的夜晚,巴赫平静地咽下了最后一口气。
《马太受难曲》手稿
《布兰登堡协奏曲》的题献页
巴赫之死在当时并未引起人们的重视,他在圣约翰教堂墓地的坟墓甚至都难以辨认。几乎没有人认为他留下的乐谱是珍贵无比的财富,许多竟被当作废纸卖掉了。他的名字在他死后的50年中无人提及,直到1789年的一天,莫扎特路过莱比锡参加圣托马斯学院的一个宗教庆典,当唱诗班演唱巴赫的经文歌《为主唱一首新歌》时,莫扎特又惊又喜,高声叫道:“我终于听到新鲜的东西啦!我终于学到东西啦!”1825年,当贝多芬第一次听到巴赫的音乐时,他不由得惊呼:“他的名字不是小溪,应该是大海!”1829年,门德尔松指挥演出了被忘却将近一个世纪的《马太受难曲》,此后,巴赫的音乐在创作、教育方面的意义日益受到人们的重视。1850年,当巴赫逝世100周年的时候,巴赫学会在莱比锡成立了,该学会开始进行《巴赫全集》的编辑和出版工作,到1947年增订重印的时候,它已达46卷之多,堪称音乐史上的一座丰碑。从1954年开始,新版《巴赫全集》的编辑工作又开始了,是由当今德国的巴赫研究中心——哥廷根的巴赫协会和莱比锡的巴赫档案馆共同承担的。在巴赫去世两个世纪之后,他终于站到了本属于他的位置,那就是音乐史上的最高峰。