从柏林回来之后，巴赫又以极其熟练的技巧发展了腓德烈赐给的主题，并特意增加了一首为长笛、小提琴和羽管键琴而作的三重奏鸣曲。他以《音乐的奉献》为题，将它用特别的纸张印刷了一册，连同一封信一起献给了大帝。
到了1749年年底，巴赫的视力更差了，他先后两次接受江湖庸医的手术，但都遭到失败。他完全失明了，体质也随之下降，导致慢性肾炎的恶化。1750年7月18日，他的视力突然恢复，但几小时后便失去了知觉。10天之后的夜晚，巴赫平静地咽下了最后一口气。
《马太受难曲》手稿
《布兰登堡协奏曲》的题献页
巴赫之死在当时并未引起人们的重视，他在圣约翰教堂墓地的坟墓甚至都难以辨认。几乎没有人认为他留下的乐谱是珍贵无比的财富，许多竟被当作废纸卖掉了。他的名字在他死后的50年中无人提及，直到1789年的一天，莫扎特路过莱比锡参加圣托马斯学院的一个宗教庆典，当唱诗班演唱巴赫的经文歌《为主唱一首新歌》时，莫扎特又惊又喜，高声叫道：“我终于听到新鲜的东西啦！我终于学到东西啦！”1825年，当贝多芬第一次听到巴赫的音乐时，他不由得惊呼：“他的名字不是小溪，应该是大海！”1829年，门德尔松指挥演出了被忘却将近一个世纪的《马太受难曲》，此后，巴赫的音乐在创作、教育方面的意义日益受到人们的重视。1850年，当巴赫逝世100周年的时候，巴赫学会在莱比锡成立了，该学会开始进行《巴赫全集》的编辑和出版工作，到1947年增订重印的时候，它已达46卷之多，堪称音乐史上的一座丰碑。从1954年开始，新版《巴赫全集》的编辑工作又开始了，是由当今德国的巴赫研究中心——哥廷根的巴赫协会和莱比锡的巴赫档案馆共同承担的。在巴赫去世两个世纪之后，他终于站到了本属于他的位置，那就是音乐史上的最高峰。