《基金会管理条例》也对基金会的内部治理架构提出了法定要求，理事会人数要求为5至25人，领取报酬的理事不超过1/3，每年至少召开两次会议，并且理事会的召开和表决机制也需要符合该条例的要求。基金会同时也应设监事或监事会。秘书长从理事中选举产生，并应当符合条例规定的任职要求。基金会还应当履行信息公开责任，依据监管部门的要求提交年度报告，接受登记管理机关（民政部门）和业务主管单位的日常监管。在财产使用过程中，除了符合上述公益支出和行政管理费用比例要求外，还应当遵守公益性原则，任何单位和个人不得私分、侵占、挪用基金会财产，进行保值增值需要符合合法、安全和有效的原则。对于基金会涉及关联交易的行为要求、保值增值的具体规则以及行政管理费用的具体计算方法等细化性规则，则在上述《基金会管理条例》的配套规章和规范性文件中予以明确。由于条例将基金会的公益性要求列明在定义中，基金会成功获得公益性捐赠税前扣除资格和非营利组织免税资格的比例在三类社会组织中最高，捐赠人和基金会自身可以依法享受税收优惠。